El Departamento de Medicina Tropical se creó en 1.982, liderado por el Dr. Jorge Rosner. Inicialmente el departamento se dedicó a realizar estudios de investigación relacionados casi exclusivamente con la enfermedad de Chagas, especialmente en las áreas clínica, epidemiológica y en la búsqueda de un modelo animal. Actualmente, el departamento realiza también actividades de servicio, docencia, y extensión. En el área de investigación, existen otras líneas de investigación como la búsqueda de productos naturales y sintéticos con actividad leishmanicida y tripanocida, caracterización de linajes de Trypanosomacruzi, estudios clínicos, epidemiológicos y de poblaciones de vectores de la enfermedad de Chagas y de la leishmaniosis tegumentaria y visceral canina, así como estudios de diagnóstico molecular de la malaria e inmunogenética.